В древности территория Боснии и Герцеговины была заселена иллирийцами и кельтами. С I века н. э. — под властью Древнего Рима (провинции Верхняя, Нижняя Паннония и Далмация). С VI века — в составе Византии. В VI—VII веках заселена сербами и хорватами. Босния как племенное княжение упоминается в X веке. Попеременно входила в состав Сербии, Хорватии, Византии и Венгрии. Боснийское государство образовано в XII веке. С конца XII века получило распространение богомильство, из которого выросла Боснийская церковь. В меньшей мере были распространены католицизм и православие. Государство значительно расширилось в XIV веке при Степане Котроманиче и Твртко I, который провозгласил себя королём «сербов, Боснии, Поморья и Западных стран». В 1448 году боснийский феодал Степан Вукчич принял титул «герцога святого Саввы», отчего впоследствии его владения (прежняя область Хум) получили название Герцеговины.

Босния была завоёвана турками в 1463 году, Герцеговина — в 1482 году. В 1583 году области были объединены в Боснийский пашалык. Большинство феодалов и часть населения перешли в ислам. В 1875—1878 годах произошло Боснийско-герцеговинское восстание. Решением Берлинского конгресса 1878 года Австро-Венгрия оккупировала Боснию и Герцеговину, а в 1908 году её аннексировала. После распада Австро-Венгрии в 1918 году вошла в состав Королевства сербов, хорватов и словенцев. В 1945 году образована республика Босния и Герцеговина в составе Югославии. В 1960-е годы изменилось соотношение в численном составе православных и мусульман в пользу последних. В марте 1992 года республика провозгласила независимость, которая была признана миром в апреле того же года. В 1992—1995 годах велась межэтническая война в Боснии и Герцеговине, которая завершилась новой организацией государства на основе Дейтонских соглашений.